Kanal D'de Şeffaf Oda isimli programa katılan Pamuk, Ergenekon soruşturmasını küçümseyenlere de tepki gösterdi: "Bu adamlar insan öldürmüş. Birçok olaya karışmış. Nasıl 'bu soruşturmadan bir şey çıkmaz' denilebilir anlamıyorum." Pamuk şunları söyledi:

"Ergenekon olayı çıkmadan 8 ay önce Ergenekoncuların beni öldüreceği ile ilgili bilgiler bana ulaştırıldı. Hükümet tarafından, olay daha basın yansımadan önce bana koruma verildi. Tabii bana, 'seni korutacağız' denmedi ama çok iyi korunduğumu biliyordum. Şimdi basında soruşturmayı küçümsüyorlar. Ancak bu adamlar insan öldürmüşler. Birilerini öldürmek için plan yapmışlar. Siyaset konuşmayı sevmem ama bu bir gerçek. Böyle bir örgüt var. Benimle ilgili öldürme planlarını gördüm, telefon konuşmalarını dinledim. Sanmayın ki bunları dinlerken kamuoyu o zaman Ergenekon'u konuşuyordu. Basında bu konu yokken, soruşturma başlamamışken bundan haberdar edildim." Pamuk'un geçen sene 1.8 milyon ödeyerek New York'ta bir ev satın alması suikast tehdidine bağlanmıştı.